Aineen taidemuseon johtokunta vastaa taidemuseotoimesta sekä erityisesti Aineen taidemuseon toiminnasta kaupungin ja Aineen Kuvataidesäätiön välisen sopimuksen mukaisesti. Johtokunnan kokousten pöytäkirjanpitäjänä toimii johtokunnan nimeämä taidemuseon viranhaltija.