Kotiseutumuseo on perustettu pihapiiriin, jossa on alkujaan ollut jälleenrakennuskauden asuinrakennus Emman pirtti ja sitä vähän vanhempi ulkorakennus. Muut rakennukset ovat peräisin 1800-luvulta ja ne on siirretty museoalueelle eri puolilta Muoniota. Näihin kuuluu muun muassa Tornionlaakson vauraille taloille tyypillinen kolmikerroksinen aitta.
Emman pirtissä on vaihtuvien näyttelyiden lisäksi Suomen pohjoisin apteekkimuseo.
Apteekkimuseon esineistö saatiin lahjoituksena Muonion entiseltä apteekkarilta Sinikka Niemeltä. Myös yksityiset henkilöt ovat tehneet lahjoituksia.
Apteekkitoiminta alkoi Muoniossa 1903, jolloin Kittilän apteekki avasi haara-apteekin Muonioon. Ensimmäinen varsinainen apteekki perustettiin 1929 apteekkari Alvar Erland Saloviuksen toimesta.
Muoniossa on toiminut 1900-luvulla seitsemän eri apteekkaria ja apteekin paikka on aina siirtynyt vaihdoksen myötä hieman eri taloon.